iPhoneやiPadの機種を入れ替えたりとか、iOSのバージョンアップなどのタイミングで、これまで使っていた状況と変わってしまう場合があるようです
主に、就業時間の合計とか、時間外計算しないなどの症状です。
現在（2018/9月の段階）のところ原因は不明です。調査中
暫定策として。。。
プロファイル設定 ＞ 勤務形態(Profile > Working style)を
現在とは異なるタイプに切り替え、
また元のタイプに戻します
※タイプを切り替えることは、集計計算方法が変わるだけですので、時刻の記録に影響はありません